En el año 2003 también clasificó a la copa, quedando eliminado en cuartos de final por el Santos de Brasil. Finalizando como líder general, clasificó a la ronda de postemporada en un grupo round-robin (todos contra todos), ganando su pase para la gran final. En esta fase de liguilla enfrentó al América (0-1 y 2-1), Toluca (1-0 y 1-0) y Atlético Potosino (2-1 y 2-2) para clasificar a la final contra los Pumas de la UNAM.
