En la Libertadores 2012 los Celestes clasificaron como segundo lugar de grupo -por debajo del Corinthians, a la postre campeón del certamen y de la Copa Mundial de Clubes 2012-, y accedieron a octavos de final contra el Libertad de Paraguay, quedando eliminados con marcadores de 1-1 en México y 0-2 en Asunción. Equipo profesional que comenzó a participar en Primera División «A» a partir de su creación como tal.
